В краеведческом музее (ул. Московская, 23) созданы постоянно действующие экспозиции:

• отдел природы с таксидермической коллекцией и палеонтологическими материалами;
• исторический отдел, в котором представлены археологическая коллекция, материалы по истории религии, истории города Алатыря и Алатырского уезда. В экспозиции органично сочетаются как традиционный по теме интерьер «Крестьянская изба» с большим разнообразием этнографического материала, так и уникальный интерьер «Келья монаха» с предметами религиозного культа.
• Визитной карточкой музея является зал «История торговли и купечества города Алатыря» с интерьерами Книжной лавки, Бакалейного магазина, Аптеки, Ломбарда и представленной в них аутентичной старинной торговой  мебелью и банковским сейфом.
• Завершает экспозицию исторического отдела зал, посвященный истории города в годы Великой Отечественной войны, с инсталляцией «Треугольник памяти».

Для мобильной экспозиционной работы действует выставочный зал, в котором осуществлялись и продолжают реализовываться многочисленные выставочные проекты, как из внутренних фондовых коллекций, так и с привлечением ресурсов других музеев и частных лиц.